در مباحث مدیریتی، معضل هماهنگی میان‌بخشی ازمهم‌ترین چالش‌هایی به‌شمار می‌رفت که با توجه به اقدامات اخیر معاونت علمی، وضعیت بهتری پیدا کرد و فعل چابک‌سازی نیز تا حدود قابل‌توجهی محقق شد اما در حوزه معضلات تأمین اعتبار، باید به این مسأله توجه کرد که اقتصاد از مهم‌ترین مسائل امروز کشور است و اگر این توقع از ستادهای دانش‌بنیان وجود دارد تا در بهبود این شرایط نقش پررنگی ایفا کنند، متناسب بااین انتظار باید منابع کافی نیز در اختیار آنها قرار گیرد.با توجه به شرایط اقتصادی کشور، ریاست محترم جمهور همواره بر این مسأله تأکید کرده‌اند که تمام مدیران و نهادهای دولتی موظفند سهم خود را در راستای بهبود این شرایط که نهایتا به افزایش کیفیت معیشت مردم عزیز ایران منجر می‌شود،ایفا کنند.حالا در بخش سلامت و در تعامل با نهادهایی نظیر وزارت بهداشت، وظایف معاونت علمی مشخص شده که فعالیت‌های ستادی نیز ذیل همین موضوع قرار می‌گیرد. با این‌حال باید به این مسأله توجه کرد که اگر این منابع مورد نیاز دراختیارستادها قرار نگیرد،آنها نمی‌توانند به‌خوبی از پس انجام وظایف خود بربیایند.به همین دلیل ضرورت دارد که در سیاست‌گذاری‌های برنامه بودجه، مطابق با وظایفی که به این نهادها سپرده می‌شود به مسأله تأمین امکانات آنها نیز توجه کافی مبذول شود.یعنی اگراین ستاد قراراست از برون‌رفت نرخ ارزی کلانی از کشور ممانعت کند، متعاقبا لازم است فضا و امکانات کافی جهت تحقق چنین عملکردی از سوی نهادهای بالادستی برای اقدامات‌شان مهیا شود.